تحقق توسعه پایدار با اهداف ماهوی حفاظت محیط زیست و تامین نیازهای متنوع انسانی مستلزم طراحی و اجرای مطالعات و پژوهش های هدفمندبوده و در این راستا در برنامه ریزی های راهبردی جمهوری اسلامی ایران در قالب چشم انداز بیست ساله و برنامه های کلان توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی انجام پژوهش های زیست محیطی از اهمیت برجسته ای برخوردار گردیده است. همسو با رویکردهای جهانی و سیاستگذاری های داخلی، پژوهشکده محیط زیست جهاد دانشگاهی به عنوان یکی از هسته های تشکیلاتی - تحقیقاتی نهاد جهاد دانشگاهی کشور در راستای غنا بخشیدن به تحقیقات بنیادی-کاربردی محیط زیست در قالب گروه های پژوهشی محیط زیست طبیعی، مهندسی محیط زیست، سامانه اطلاعات جغرافیایی و مدیریت پسماند شکل گرفته است. برخی از محورهای عمده فعالیت مربوط به شکل گیری پژوهشکده به شرح زیر ارایه می گردد:   

گروه پژوهشی محیط زیست طبیعی

گروه پژوهشی مهندسی محیط زیست

گروه پژوهشی سامانه اطلاعات جغرافیایی

گروه پژوهشی فرآوری پسماند